Page 2 of 6 FirstFirst 1234 ... LastLast
Results 11 to 20 of 57

Thread: Le type HLA

  1. #11
    Gold Class Member
    Posts
    1,338
    Sex
    Location
    Canada
    Ethnicity
    French Canadian
    Nationality
    Canadian
    Y-DNA
    R-M269 cousin test
    mtDNA
    H3a

    Canada Acadia Canada Quebec Franco-Ontarian Wallonia Scotland
    Quote Originally Posted by cercle View Post
    Merci Titane d'avoir ouvert un fil sur ce sujet. Ca m'a permis d'avancer sur cette affaire.

    J'ai un reste de collection personnelle de captures d'écrans de cette zone ou beaucoup de mes matchs avaient droits à leur touche d'exotisme. Souvent,une couleur chaude contrastant avec la majorité de bleu/cyan Européen sur l'ancien 23andme.

    Ici un peu de Yakut
    Attachment 18073

    Là un zeste de Japonais
    Attachment 18074

    Un soupçon d'Océanien
    Attachment 18075

    Merci pour les liens et les explications Anglesqueville. Je n'ai pas la formation pour une telle méthode, je suis allé trouver directement les snp concerné dans les Raw data v3.

    Derrière le Native-American ( de 29 à 32 mb) qu'arbore ma maman se trouve HLA-DR9, apparemment commun en Europe du nord jusqu'en Sibérie Orientale.
    Depuis tout ce temps je supposais de l'ancien Sibérien sans pouvoir le connecter à des marqueurs spécifiques. En utilisant snpmap y'a bien 2-3 marqueurs avec des allèles sur-représenté chez les Asiatiques ou les Amérindiens.

    Attachment 18069

    Bon en comparant envers l'Amérindien c'est pas folichon.

    Quant à notre segment Ashkenaze un poil plus étiré ( 25-32 mb) il s'avère que c'est du HLA-DR14.01, très présent en Italie du sud, les Balkans et le Caucase.
    Snpmap ( en utilisant mes raw data phasé coté maternel) me renvoi à quelques variants du monde méditerranéen, voire Africain. C'est raccord avec les calculateurs de gedmatch à cet endroit là.

    Attachment 18072
    Je peux te demander de quelle région ta maman tiendrait son Native American/alias Yakut?
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

  2. The Following User Says Thank You to Titane For This Useful Post:

     Power77 (08-16-2017)

  3. #12
    Registered Users
    Posts
    30
    Sex
    Omitted
    Ethnicity
    Serbe/Flamand
    Nationality
    Française
    Y-DNA
    I1
    mtDNA
    K1a13a1

    France Flanders Serbia Croatia
    @Titane C'est une Serbe de Dalmatie.
    ACMaM.png

    Pour en revenir au sujet du fil, merci pour vos interventions.J'ai un regard nouveau sur ces marqueurs HLA, j'en perçois mieux la valeur.

    Ma neurasthénie me motive à trouver les outils qui mâchent une partie du boulot pour arriver à un ersatz de solution.
    Pour ceux qui possèdent des raw data V4 de chez 23andme ou des raw data de FTDNA vous pouvez éventuellement essayer de trouver un snp en linkage disequelibrium grâce à https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldproxy

    Veillez bien à cocher les populations européennes. Puis laisser le programme faire son office le temps qu'il sectionne une belle grappe de variants. Par exemple avec un des snp qui tag hla-DR0101 : rs4947332 T

    ldlink1.png

    Normalement, les meilleurs snp proxy sont classés des quasi-équivalents en début de tableau à ceux qui ne sont plus vraiment en linkage tout à la fin. Les valeurs proches de 1 à la fois pour D' et pour R² indiquent une grande fiabilité du linkage entre 2 snp si j'ai bien compris. Si Anglesqueville souhaite compléter ou corriger mes dires qui peuvent paraître nébuleux, je suis tout à fait preneur !

    ldlink2.png

    Ensuite vous pouvez utiliser LDpair https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldpair qui vous indiquera tel allèle correspond à tel allèle entre 2 snp.
    Last edited by cercle; 08-12-2017 at 01:13 PM. Reason: Ajout lien LDLINK

  4. The Following 2 Users Say Thank You to cercle For This Useful Post:

     Massam (08-13-2017), Power77 (08-12-2017)

  5. #13
    Gold Class Member
    Posts
    1,338
    Sex
    Location
    Canada
    Ethnicity
    French Canadian
    Nationality
    Canadian
    Y-DNA
    R-M269 cousin test
    mtDNA
    H3a

    Canada Acadia Canada Quebec Franco-Ontarian Wallonia Scotland
    Quote Originally Posted by cercle View Post
    @Titane C'est une Serbe de Dalmatie.
    ACMaM.png

    Pour en revenir au sujet du fil, merci pour vos interventions.J'ai un regard nouveau sur ces marqueurs HLA, j'en perçois mieux la valeur.

    Ma neurasthénie me motive à trouver les outils qui mâchent une partie du boulot pour arriver à un ersatz de solution.
    Pour ceux qui possèdent des raw data V4 de chez 23andme ou des raw data de FTDNA vous pouvez éventuellement essayer de trouver un snp en linkage disequelibrium grâce à https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldproxy

    Veillez bien à cocher les populations européennes. Puis laisser le programme faire son office le temps qu'il sectionne une belle grappe de variants. Par exemple avec un des snp qui tag hla-DR0101 : rs4947332 T

    ldlink1.png

    Normalement, les meilleurs snp proxy sont classés des quasi-équivalents en début de tableau à ceux qui ne sont plus vraiment en linkage tout à la fin. Les valeurs proches de 1 à la fois pour D' et pour R² indiquent une grande fiabilité du linkage entre 2 snp si j'ai bien compris. Si Anglesqueville souhaite compléter ou corriger mes dires qui peuvent paraître nébuleux, je suis tout à fait preneur !

    ldlink2.png

    Ensuite vous pouvez utiliser LDpair https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldpair qui vous indiquera tel allèle correspond à tel allèle entre 2 snp.
    Très divertissant en effet, mais comment as-tu choisi quel snp utiliser?

    Aussi dans ton premier message, où as-tu pris le programme SnpMap?
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

  6. #14
    Moderator
    Posts
    3,095
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland
    Quote Originally Posted by cercle View Post
    @Titane C'est une Serbe de Dalmatie.
    ACMaM.png

    Pour en revenir au sujet du fil, merci pour vos interventions.J'ai un regard nouveau sur ces marqueurs HLA, j'en perçois mieux la valeur.

    Ma neurasthénie me motive à trouver les outils qui mâchent une partie du boulot pour arriver à un ersatz de solution.
    Pour ceux qui possèdent des raw data V4 de chez 23andme ou des raw data de FTDNA vous pouvez éventuellement essayer de trouver un snp en linkage disequelibrium grâce à https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldproxy

    Veillez bien à cocher les populations européennes. Puis laisser le programme faire son office le temps qu'il sectionne une belle grappe de variants. Par exemple avec un des snp qui tag hla-DR0101 : rs4947332 T

    ldlink1.png

    Normalement, les meilleurs snp proxy sont classés des quasi-équivalents en début de tableau à ceux qui ne sont plus vraiment en linkage tout à la fin. Les valeurs proches de 1 à la fois pour D' et pour R² indiquent une grande fiabilité du linkage entre 2 snp si j'ai bien compris. Si Anglesqueville souhaite compléter ou corriger mes dires qui peuvent paraître nébuleux, je suis tout à fait preneur !

    ldlink2.png

    Ensuite vous pouvez utiliser LDpair https://analysistools.nci.nih.gov/LDlink/?tab=ldpair qui vous indiquera tel allèle correspond à tel allèle entre 2 snp.
    Non, non, je ne corrige rien, c'est vraiment brillant. De mon côté je suis en train d'essayer autre chose, mais je tombe sur un problème qu'a priori je ne sais pas résoudre. J'en parlerai si ça se décoince.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  7. The Following User Says Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Power77 (08-12-2017)

  8. #15
    Gold Class Member
    Posts
    1,338
    Sex
    Location
    Canada
    Ethnicity
    French Canadian
    Nationality
    Canadian
    Y-DNA
    R-M269 cousin test
    mtDNA
    H3a

    Canada Acadia Canada Quebec Franco-Ontarian Wallonia Scotland
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Cercle: d'après ce que tu dis V3 donnait plus de snps HLA que V4, ce n'est pas étonnant. C'est vraiment incompréhensible que les compagnies de zooment pas sur cette zone, même d'un point de vue commercial. Elles pourraient à peu de frais raconter à leurs clients de belles histoires d'ancestralité profonde, avec des corrélats médicaux croustillantes car plein de maladies en rapport avec le système immunitaire sont corrélées aux types HLA. Mystère.
    Ayant eu la bonne idée de tester chez 23andMe (v4) et Ancestry (V2), disons que je constate ce n'est pas la veille pour ce que tu suggères. On dirait au contraire qu'ils ont fait exprès pour ne pas tester la même chose. J'ai fait une liste de mes résultats comportant le mot HLA sur le chromosome 6 pour les deux compagnies et il y a pas mal de divergences.

    En plus, 23andMe a réduit le nombre de SNPs testés de v3 à v4. Quand aux belles histoires d'ancestralité profonde, après Neandertal?
    On le voit ici, la majorité des clients veulent se reconnaître dans leurs résultats! Et puis, les belles histoires peuvent être racontée sans trop de liens personnalisés.
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

  9. #16
    Moderator
    Posts
    3,095
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland
    Quote Originally Posted by Titane View Post
    Ayant eu la bonne idée de tester chez 23andMe (v4) et Ancestry (V2), disons que je constate ce n'est pas la veille pour ce que tu suggères. On dirait au contraire qu'ils ont fait exprès pour ne pas tester la même chose. J'ai fait une liste de mes résultats comportant le mot HLA sur le chromosome 6 pour les deux compagnies et il y a pas mal de divergences.

    En plus, 23andMe a réduit le nombre de SNPs testés de v3 à v4. Quand aux belles histoires d'ancestralité profonde, après Neandertal?
    On le voit ici, la majorité des clients veulent se reconnaître dans leurs résultats! Et puis, les belles histoires peuvent être racontée sans trop de liens personnalisés.
    Oh, je n'exprimais pas un espoir, simplement je m'étonnais qu'ils n'y aient pas songé, parce que, encore une fois, cela ne semble pas présenter de difficultés particulières. Le chromosome 6 (imputé) de ma mère, que je viens de regarder, tient sur un fichier .bed de 66 megas (environ 2.300.000 loci). J'ai vérifié: tous les snps ( d'après Eupedia, je ne suis pas allé voir plus loin) impliqués dans la déterminations du type HLA y sont ( sauf un, sans doute au nombre de la centaine que j'ai dû couper, parce qu'ils étaient mal codés). Je dis simplement qu'en offrant ces quelques dizaines de snps ils pouvaient mettre un peu de sel dans leur soupe, et je m'étonne qu'ils ne l'aient pas fait. Bon, cela dit, c'est vrai que "se reconnaître" dans sa zone HLA est peut-être un peu difficile, mais notre petit monde est plein de gens qui s'identifient à leurs haplogroupes Y ( voire Mt), alors tout est possible. En passant, ma mère est très probablement HLA-DRB*0401, ce qui n'est vraiment pas original, pour le compte.
    A propos des "divergences" dont tu parles, tu ne dis pas si tu as regardé "à la main" ou par promethease. Je ne suis pas sûr que 23&me et Ancestry aient fait le même choix d'orientation https://www.snpedia.com/index.php/Orientation .

    edit: pour l'instant, je n'irai pas plus loin sur cette question. Je pressens vraiment plein de difficultés très chronophages ( ne serait-ce d'ailleurs que cette question d'orientation) , et j'ai un boulot à finir pour la rentrée. Donc, si je n'interviens plus sur ton fil, n'en déduis pas que je fais la gueule, c'est simplement que je n'ai pas le temps.
    Last edited by anglesqueville; 08-12-2017 at 10:00 PM.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  10. The Following User Says Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Power77 (08-16-2017)

  11. #17
    Gold Class Member
    Posts
    1,338
    Sex
    Location
    Canada
    Ethnicity
    French Canadian
    Nationality
    Canadian
    Y-DNA
    R-M269 cousin test
    mtDNA
    H3a

    Canada Acadia Canada Quebec Franco-Ontarian Wallonia Scotland
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Oh, je n'exprimais pas un espoir, simplement je m'étonnais qu'ils n'y aient pas songé, parce que, encore une fois, cela ne semble pas présenter de difficultés particulières. Le chromosome 6 (imputé) de ma mère, que je viens de regarder, tient sur un fichier .bed de 66 megas (environ 2.300.000 loci). J'ai vérifié: tous les snps ( d'après Eupedia, je ne suis pas allé voir plus loin) impliqués dans la déterminations du type HLA y sont ( sauf un, sans doute au nombre de la centaine que j'ai dû couper, parce qu'ils étaient mal codés). Je dis simplement qu'en offrant ces quelques dizaines de snps ils pouvaient mettre un peu de sel dans leur soupe, et je m'étonne qu'ils ne l'aient pas fait. Bon, cela dit, c'est vrai que "se reconnaître" dans sa zone HLA est peut-être un peu difficile, mais notre petit monde est plein de gens qui s'identifient à leurs haplogroupes Y ( voire Mt), alors tout est possible. En passant, ma mère est très probablement HLA-DRB*0401, ce qui n'est vraiment pas original, pour le compte.
    A propos des "divergences" dont tu parles, tu ne dis pas si tu as regardé "à la main" ou par promethease. Je ne suis pas sûr que 23&me et Ancestry aient fait le même choix d'orientation https://www.snpedia.com/index.php/Orientation .

    edit: pour l'instant, je n'irai pas plus loin sur cette question. Je pressens vraiment plein de difficultés très chronophages ( ne serait-ce d'ailleurs que cette question d'orientation) , et j'ai un boulot à finir pour la rentrée. Donc, si je n'interviens plus sur ton fil, n'en déduis pas que je fais la gueule, c'est simplement que je n'ai pas le temps.
    J'ai fait ma comparaison à la mitaine sur Excel à partir des données des rapports de Prométhéase de chacun des vendeurs. Il se peut qu'il en manque, parce que j'ai fait une recherche sur le terme HLA dans les rapports. J'en ai 146 chez l'un, 86 chez l'autre.
    Je ne verrais pas comment rapidement vérifier une liste sur Eupedia (comment trouver) avec les données brutes, en fichier csv?

    Depuis quand je m'offusque si quelqu'un ne répond pas?
    Alors comme tu as fait tes parents, reste à savoir duquel tu retiens à ce niveau...
    Last edited by Titane; 08-12-2017 at 10:30 PM.
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

  12. #18
    Moderator
    Posts
    3,095
    Sex
    Location
    Normandy
    Ethnicity
    northwesterner
    Y-DNA
    U152>L2>Z367
    mtDNA
    H5a1

    Normandie Netherlands Friesland Finland
    Je ne verrais pas comment rapidement vérifier une liste sur Eupedia (comment trouver) avec les données brutes, en fichier csv?
    Moi j'ai écrit un script sous R. Basiquement, mon fichier de référence donnant les id snp ( rs*****) en première colonne, l'allèle (supposément) dérivée en troisième ( c'est le "supposément" qui m'embête) , disposant d'une liste de snps c( "rs***","r***", etc), je me débrouille avec une combinaison de k<-which(data[,1])==c[i]); gen<-data[k,3]. Cela dit, il doit être possible d'écrire une macro pour Excel, mais je n'y connais rien.

    Alors comme tu as fait tes parents, reste à savoir duquel tu retiens à ce niveau..
    Je regarderai à l'occasion, mais pas d'urgence. La manipulation des imputed.csv de dna.land est pénible. Avec ma mère j'ai eu un tas ( enfin, une centaine sur plus de 2 millions) de snps multialléliques indémêlables que j'ai dû supprimer. Dans ce genre de job je vais à l'aveuglette, avec le fort pressentiment que mes connaissances d'autodidacte en génétique sont très limite. Il est évidemment trop tard pour les upgrader. Bonne occasion de répéter que si quelqu'un ici a l'impression que je raconte des bêtises sur quelque chose, je suis preneur de toute correction utile.
    Last edited by anglesqueville; 08-13-2017 at 07:19 AM.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

  13. The Following User Says Thank You to anglesqueville For This Useful Post:

     Power77 (08-16-2017)

  14. #19
    Registered Users
    Posts
    1,397
    Sex
    Location
    French Flanders
    Ethnicity
    Northwestern European
    Y-DNA
    R1b L21>DF13
    mtDNA
    K1

    France Belgium Flanders Wallonia Occitania France Bretagne
    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Plus tard Titane. J'ai un gros rassemblement familial chez moi jusqu'à samedi. Si je suis encore en état ce soir quand tout le monde sera couché...
    Quant le Jarl reçoit dans sa skali, et aprés que l'hydromel ait coulé à flot, que le scalde ait chanté ses exploits, il a mal à la tête.

  15. The Following 5 Users Say Thank You to ffoucart For This Useful Post:

     anglesqueville (08-13-2017), Camulogène Rix (08-13-2017), cercle (08-14-2017), Massam (08-13-2017), Power77 (08-16-2017)

  16. #20
    Registered Users
    Posts
    382
    Sex
    Location
    France
    Y-DNA
    E-M81-CTS12227
    mtDNA
    I3a1

    Ce n'est qu'indirectement lié au sujet de départ mais je me souviens avoir lu que le professeur Raoult avait lui même effectué un test HLA, voici ce qu'il écrivait dans son dernier livre "Arrêtons d'avoir peur !" :

    "J'ai moi-même réalisé un test similaire par la méthode de séquençage des gènes HLA. Le typage HLA — ou « complexe majeur d'histocompatibilité » — est une zone du génome extrêmement variable selon les individus et utilisée pour tester la compatibilité des greffes entre donneur et receveur. Le typage HLA est une carte d'identité génétique, à l'instar des empreintes digitales, qui permet de discriminer des groupes humains selon leur origine. Le résultat de mon test m'a beaucoup amusé. Né en Afrique et vivant à Marseille, je me sens depuis toujours méditerranéen. La généalogie au contraire en est fort éloignée, les familles de mes parents sont issues respectivement de Normandie et du nord de la Bretagne. Et génétiquement, 75 % de mes origines seraient scandinaves : ce qui fait de moi un être issu d'envahisseurs normands et vikings. Pourtant rien en moi ne transpire de la culture du nord de l'Europe. Cela est un bon exemple pour montrer que ce sont d'abord la culture et le langage qui fondent notre identité. Personnellement, en dépit de mon décodage génétique, je me sens plus proche d'un Algérien francophone que d'un Scandinave."

    Q'un habitant de Marseille se sente plus proche d'un habitant d'Alger francophone que d'un habitant d'Oslo ou de Copenhague , comme c'est étrange...
    Last edited by rz1706; 08-13-2017 at 09:36 AM.
    LivingDna (cautious) : Europe 83% (South Italy 39.3%, Great Britain and Ireland 25.2%, Iberian Peninsula 17.1%, Northwestern Europe 1.4%), North Africa 6.4%, Levant 5%, Yorubaland 5.5%
    Basal-rich K7: Basal-rich 43.7%, Villabruna-related 42.7%, Ancient_North_Eurasian 7.7%, Sub-Saharan 4.7%, East_Eurasian 1%
    Ancestry: mix of indigenous Europeans from Dauphiné and Kabyle Berber colonists settled in Southern France.

  17. The Following User Says Thank You to rz1706 For This Useful Post:

     Power77 (08-16-2017)

Page 2 of 6 FirstFirst 1234 ... LastLast

Similar Threads

  1. Replies: 13
    Last Post: 07-06-2015, 03:51 PM
  2. Replies: 0
    Last Post: 10-05-2013, 02:33 AM
  3. L1280 found in kit E4464 (Ib Type)
    By lgmayka in forum R1a-Z283
    Replies: 2
    Last Post: 09-17-2012, 02:49 AM
  4. Replies: 1
    Last Post: 08-28-2012, 04:47 AM

Posting Permissions

  • You may not post new threads
  • You may not post replies
  • You may not post attachments
  • You may not edit your posts
  •