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Thread: Le type HLA

  1. #51
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    A quoi je réponds par une belle maxime de Pierre Dac: " Peu importe de savoir où l'on va, l'essentiel est d'y aller". Et, allez, une autre, du même: " Celui qui parti de rien n'arrive à rien du tout ne doit rien à personne."
    Et celle de Mao : "Nous avons volé de défaites en défaites jusqu'à la victoire finale "

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     Power77 (08-19-2017), Titane (08-18-2017)

  3. #52
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    Quote Originally Posted by Ric View Post
    Et celle de Mao : "Nous avons volé de défaites en défaites jusqu'à la victoire finale "
    Celle-là, c'est pour titane, pour l'encourager.
    En North alom, de North venom
    En North fum naiz, en North manom

    (Roman de Rou, Wace, 1160-1170)

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     Power77 (08-19-2017), Ric (08-18-2017)

  5. #53
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Celle-là, c'est pour titane, pour l'encourager.
    C'est gentil de penser à moi, mais j'ai le gène de la persévérance, sur le bord de l'obstination, alors oui je vais continuer, juste parce que...
    Mon commentaire faisait plus écho au tien où tu faisais la liste des multiples étapes où on pourrait perdre du monde en cours de route.

    Édit: je n'invente pas, c'est dans mon rapport Promethease.
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

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     dp (08-18-2017), Power77 (08-19-2017)

  7. #54
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    Tiens, pour ceux qui suivent ce fil, je voulais vérifier un truc. Donc, petite interro écrite. Je donne une ligne d'un vcf imputé:
    1 10583 rs58108140 G A 0 PASS NS=1 GT:GL 0/0:-0.15,-0.53,-2.30

    Question: quelle est la probabilité que le sujet soit bien pour ce snp homozygote à l'allèle G?
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  8. #55
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    Je me risque : je ne suis pas sur de la réponse exacte mais je dirais élevé si on se fie à -0.15 ? 98.5 % ?

  9. #56
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    Quote Originally Posted by cercle View Post
    Je me risque : je ne suis pas sur de la réponse exacte mais je dirais élevé si on se fie à -0.15 ? 98.5 % ?
    Pas loin, mais c'est un coup de bol. Je devine que, si on appelle GL la 'genetic likehood' ( -0.15), tu as fait p=1+GL. Mais alors, la probabilité de l'état homozygote dérivé serait égale à 1+(-2.3), soit -1.3, impossible pour une probabilité. Donc, non ce n'est pas cela, même si l'erreur commise tend vers 0 quand p tend vers 0. Une indication, si GL=-0.5, p=0.8912509
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  11. #57
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    Quote Originally Posted by anglesqueville View Post
    Pas loin, mais c'est un coup de bol. Je devine que, si on appelle GL la 'genetic likehood' ( -0.15), tu as fait p=1+GL. Mais alors, la probabilité de l'état homozygote dérivé serait égale à 1+(-2.3), soit -1.3, impossible pour une probabilité. Donc, non ce n'est pas cela, même si l'erreur commise tend vers 0 quand p tend vers 0. Une indication, si GL=-0.5, p=0.8912509
    Si je regarde mes données dans le tableau plus gros à la première ligne, on voit : 0.0, -10.0, et -10.0. J'en déduis donc que le facteur GL varie de 0 - pour exactement (100% probable) à - 10 pour 0% probable. Donc pour -0.15, ça donne en effet 98.5%.

    Et j'ai réussi à faire fonctionner le script sur R sur mon Mac en copiant dans TextEdit, sauvegardé avec extension .csv. Mon problème était la désignation du répertoire de travail qui n'est pas automatique dans R (sous "divers").
    K13 : 55.7% North_Dutch + 44.3% Spanish_Andalucia @ 1,7
    K15 : 79.6% Orcadian + 20.4% Sardinian @ 3,27
    Of course one population is French... @ 4,09 and 5,38 for K13 and K15.
    Y-DNA of ancestors include R-M269, J-M67 (from 23andMe genocousins -12 lines to this ancestor),
    J-CTS1192 and E-L117 (from French Heritage DNA Project at FT-DNA)

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